Die Kirche des Heiligen Johannes, die zur Langobardenzeit erbaut und 1123 wiedergebaut wurde, war über lange Zeit die Taufkapelle der Kathedrale. Die Wände sind mit Fresken aus dem 14. und 15. Jahrhundert dekoriert. Außerdem befindet sich hier das bekannteste Kunstwerk der Kirche, das Taufbecken aus dem 12. Jahrhundert mit Reliefs, die Szenen aus dem Leben Jesu darstellen: die Hirtenankündigung, die Anbetung der Heiligen Drei Könige, Herodes mit den Soldaten, der Kindermord, die Flucht nach Ägypten und die Taufe Jesu.
Zur Kathedrale gehören auch der Domherrenkreuzgang und das Dommuseum, in die man von der Kirche Sant’Elena gelangt. Im Kreuzgang sind die Überreste der frühchristlichen Kirchen zu sehen, die sich an dieser Stelle befanden, während man im Museum Skulpturen, sakrale Einrichtungsgegenstände und Malereien aus dem 15., 16. und 17. Jahrhundert bewundern kann. Die Kapitularbibliothek mit Zugang vom Domplatz ist eine der bekanntesten und ältesten kirchlichen Bibliotheken Europas. Hier sind antike Schriftrollen, Bilderhandschriften und viele wertvolle Manuskripte, u.a. die Istitutionen Gai und eine Ausgabe des De Civitate Dei des Hl. Augustinus, aufbewahrt.